Uma das novas adições de jogabilidade é a introdução de personagens auxiliares. Personagens auxiliares são escolhidos durante a Seleção de Personagem, e podem ser chamados durante uma batalha para causar dano extra. Determinadas combinações de personagens criam jutsu únicos em uma batalha; estas combinações refletem as associações desses personagens no anime e mangá. Muitas das técnicas dos personagens do jogo anterior foram atualizadas. Existem muitos Ultimate Jutsu atualizados, incluindo os específicos de auxilio acima mencionados. As invocações foram removidas do jogo. Os personagens de auxílio não podem ser desativados. O jogo também inclui um modo RPG, onde os jogadores podem andar pela vila e interagir com o ambiente da história e com os moradores, realizando missões e combates em função da obtenção de experiência. Uma vez que missões específicas do jogo sejam concluídas, um fragmento secreto exclusivo do game é desbloqueado, podendo utilizar Sasuke Uchiha dentro de um dos Esconderijos de Orochimaru em uma missão própria.