O jogo apresenta uma experiência de jogabilidade semelhante ao seu antecessor, Naruto: Ultimate Ninja, muitos dos mesmos elementos de jogabilidade e geografia. Alguns personagens foram fundidos, de modo que o jogador deve usar uma Técnica Suprema para ativá-los (Triângulo + Bolinha normalmente), tal como Sasuke com seu Selo Amaldiçoado. O jogo também possui um modo de história RPG, a primeira metade da série, a segunda sendo um arco de história que ocorre entre o Arco Busca Por Tsunade e o Arco Resgate de Sasuke.
Neste arco, Orochimaru faz Kabuto usar uma técnica chamada Kinjutsu: Gedō no In para selar o Sharingan de Kakashi. Orochimaru, em seguida, inicia sua segunda invasão em Konoha e usa a sua Invocação: Reencarnação do Mundo Impuro para trazer de volta Zabuza Momochi, Haku e o Terceiro Hokage.
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